Evrim düşüncesi, yaratılış gerçeğini reddeden, materyalist bir felsefi anlayışın ürünüdür ve kökenleri antik çağlara kadar uzanır. Eski Yunan'daki ateist filozofların birçoğu evrim fikrini savunmuş, bu anlayış modern bilimle birlikte yeniden gündeme gelmiştir. Ancak modern bilimin doğuşu ve gelişmesinde ateist felsefelerden ziyade Allah inancının teşvik edici rolü daha belirgin olmuştur. Leonardo da Vinci, Kopernik, Kepler, Galileo gibi bilim insanları; paleontolojinin babası Georges Cuvier; botanik ve zoolojinin öncüsü Linnaeus; ve Isaac Newton gibi isimler, bilimsel çalışmalarını Allah'ın yarattığı evreni keşfetme ve bu yaratılıştaki detayları görme amacıyla gerçekleştirmiştir. Albert Einstein da Allah inancına sahip bir bilim insanı olarak, "Dinsiz bir bilime inanmak imkansızdır" diyerek iman ve bilimin birbirinden ayrılmaz bir bütün olduğunu ifade etmiştir. Modern fiziğin kurucularından Max Planck da bilimle ciddi şekilde ilgilenen herkesin, bilimin temelinde iman bulunduğunu kabul edeceğini belirtmiştir.
Evrim teorisi, antik materyalist felsefelerin 19. yüzyılda yeniden canlanmasıyla ortaya çıkmıştır. Materyalizm, doğayı yalnızca maddi etkenlerle açıklamaya çalışır ve yaratılışı reddeder. Bu anlayış, canlı ve cansız varlıkların rastlantılar sonucu ortaya çıktığını ve düzen kazandığını savunur. Ancak bu bakış açısı, insan aklının düzen gördüğünde bir düzenleyici iradenin varlığını kabul etme eğilimine ters düşmektedir. Charles Darwin, evrim teorisinin günümüzdeki şeklini ortaya atan isim olarak bilinir. Ancak Darwin, biyoloji eğitimi almamış, amatör bir doğa bilimciydi. H.M.S. Beagle gemisindeki gezisi sırasında farklı canlı türlerini gözlemlemiş, özellikle Galapagos Adaları'ndaki ispinoz kuşlarının gagalarındaki farklılıklardan etkilenmiştir. Bu gözlemlerinden hareketle, canlılardaki çeşitliliğin çevreye uyum sağlama çabasından kaynaklandığını varsaymıştır. Darwin, tüm canlıların ortak bir atadan türediğini ve doğal seçilim yoluyla farklılaştığını öne sürmüştür. Darwin'in teorisi, bilimsel bulgularla desteklenmemiş bir varsayım olarak kalmıştır. Kendi kitabında "Teorinin Zorlukları" başlığı altında teorisinin sorunlarını itiraf etmiştir. Bunlar arasında fosil kayıtlarının yetersizliği, canlılardaki karmaşık organların (örneğin göz) tesadüflerle açıklanamaması ve içgüdülerin mekanizması gibi konular yer almıştır. Amerikalı fizikçi Lipson, Darwin'in teorisinin güven eksikliğini vurgulamış ve göz gibi kompleks yapıların evrimle açıklanabilirliğine şaşırdığını ifade etmiştir. Ayrıca, genetik biliminin gelişimi Darwin'in teorisine ciddi darbeler vurmuştur. Avusturyalı botanikçi Gregor Mendel'in 1865'te keşfettiği kalıtım yasaları, genetik bilginin tesadüflerle açıklanamayacak kadar detaylı ve planlı olduğunu ortaya koymuştur. DNA’nın yapısının keşfi ve genetik biliminin ilerlemesi, Darwin'in iddialarını daha da geçersiz kılmıştır. Darwin’in teorisinin temelinde yer alan Lamarck’ın “kazanılmış özelliklerin aktarılması” tezi, genetik bilimindeki ilerlemelerle çürütülmüştür. Günümüzde, evrim teorisi hâlâ bazı çevrelerde savunulsa da, bilimsel olarak ciddi açmazlarla karşı karşıyadır. Canlılardaki biyolojik komplekslik, bilinç, içgüdüler ve yaşamın kökeni gibi temel sorular, evrim teorisi ile tatmin edici şekilde açıklanamamaktadır. Evrim düşüncesi, materyalist felsefenin bir ürünü olarak ortaya çıkmış ve bilimsel bulgular yerine varsayımlara dayalı bir teori olarak kalmıştır. Modern bilim, evrenin bir yaratıcı tarafından düzenlendiğini kabul eden bir imanla şekillenmiştir. Bilim tarihine yön veren birçok bilim insanı, çalışmalarında Allah'ın yaratışındaki hikmeti görmeye çalışmış ve bu inançlarıyla büyük keşiflere imza atmıştır. Evrim teorisi ise, bilimsel dayanaklardan çok, materyalist felsefenin bir yansıması olarak değerlendirilmektedir.